Vědecká činnost ústavu je zaměřena na transdisciplinární výzkum vybraných klíčových problémů filosofie a příbuzných humanitních oborů, zejména logiky, klasických a medievistických studií, komeniologie, teorie vědy a globálních studií. Tento výzkum je realizován v těsné spolupráci s vysokými školami a s dalšími vědeckými institucemi. Značná část vědecké produkce pracoviště je publikována v devíti odborných periodikách vydávaných či spoluvydávaných ústavem nebo knižně v ústavním nakladatelství Filosofia.